真菌和细菌是比较传统的分类方法
现在微生物的分类方法根据细胞核来划分
称为真核微生物和原核微生物
真核微生物细胞核有完整的核结构，如霉菌（黑曲霉，米曲霉等），酵母菌（酿酒酵母，红酵母灯），和一些大型真菌（如灵芝等食药用真菌）；
原核微生物没有完整的细胞核，只有一个叫做拟核的结构，这类微生物包括细菌（如枯草芽孢杆菌，大肠杆菌，金黄色葡萄球菌等等），放线菌（如阿维链霉菌，天蓝色链霉菌等等）
可以参考微生物学教材
大概的说，不严格的说（基本上同用）。
细菌：就是名字里有表示形状的词，比如XX杆菌、XX螺旋菌、XX球菌等……
真菌：名字里一般没有表示形状的词。主要包括：霉菌、蕈菌等。常见真菌——各种霉菌、酵母菌、蘑菇、香菇茶树菇等XX菇，灵芝、木耳、猴头等
真菌大多叫什么什么霉菌，细菌有叫杆菌、球菌等……霉菌就是真菌，其他的大多是细菌。
这些名字是不能区分的，只能自己记上。只有规范的学术名才能辨别，加上种属名的命名。
真菌：食用真菌，酵母菌，霉菌
细菌：杆菌，球菌，螺旋菌，常见乳酸菌，固氮菌
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