在农村参加的是新型农村合作医疗，在单位参加的是职工医疗保险，这两个保险都是社会医疗保险，只能参加其中之一，不能重复参加和享受待遇。与办不办卡应该没有关系。
新农合和职工医保暂时还没有互通的，新农合目前还是归属卫生系统，职工医保是归属人社系统。你入职让公司办理社保，是可以办理的，不存在把新农合撤销的问题。
