有四方面的不同。
一、职位的不同。
会计机构负责人：指在一个单位内具体负责会计工作的中层领导人员，组织、领导会计机构或会计人员依法进行会计核算，实行会计监督的负责人。
总会计师：在单位主要领导人领导下，主管经济核算和财务会计工作的负责人。
二、职责不同。
会计机构负责人：是公司财务总负责人，对各项财务会计工作要定期研究、布置、检查、总结。
总会计师：是组织领导本单位的财务管理，成本管理，预算管理。
三、设置范围不同。
会计机构负责人：只要设置会计机构，就应当配备会计机构负责。
总会计师：国有的和国有资产占控股地位或者主导地位的一些大、中型国有企业才有实行总会计师制度。
四、任职条件不同。
会计机构负责人：除取得会计从业人员资格证书外，还应当具备会计师以上专业技术职务资格或者从事会计工作三年以上，在政治素质、工作经历、政策业务水平、组织能力、身体情况也有严格要求。
总会计师：取得会计师专业技术资格或持有总会计师（CFO）资格证书，主管一个单位或者单位内部一个重要方面的财务会计工作的时间不少于3年。
参考资料来源：百度百科--总会计师
参考资料来源：百度百科--会计机构负责人
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