用不同前缀的数据表，如A的数据库用A_XXX，B的数据库用B_XXX，这样就可以区分了，不同的网站程序读取相应前缀的数据表就可以了
这要看你给的权限你可以给每个网站设置一个mysql账户并限定死这个账户只能访问该网站的数据库这样就不会出问题
