001云霄飞车杀人事件（组织）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170，171暗阁中的死角（新出登场）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
188－－193危命的复活（新一，兰）
226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230，231谜一样的乘客（赤井登场）
258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284~285中华街雨中的似曾相识
286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）
307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
335，336东都显影所的秘密（有神秘人）
338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429--430无法回到从前的两个人(本堂)
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
510柯南和w暗号推理
511推理对决 新一vs冲矢昴
522新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
主线剧情:
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒、伏特加出场，大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原出场，进入主线剧情）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克出场，被GIN灭口，苦艾酒出场）
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 诡密的乘客（下集）
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
307 无声的证据（前篇） （再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（前篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光，卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
346 寻找P股上的印记（前篇）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无身份曝光）
509 红白黄色与侦探团（冲矢昴出场，新一轮对决即将开始）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
剧场版
05 通往天国的倒数计时 （有黑衣组织，但与主线无关）
13 漆黑的追逐者(漆黒の追迹者) 2009/04/18 （未推出）
就是这些
主线剧情:
001 云霄飞车杀人事件 （琴酒、伏特加出场，大幕拉开）
002 董事长千金诱拐事件
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原出场，进入主线剧情）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克出场，被GIN灭口，苦艾酒出场）
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 诡密的乘客（下集）
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
307 无声的证据（前篇） （再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（前篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光，卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
346 寻找P股上的印记（前篇）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无身份曝光）
509 红白黄色与侦探团（冲矢昴出场，新一轮对决即将开始）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
剧场版
05 通往天国的倒数计时 （有黑衣组织，但与主线无关）
13 漆黑的追逐者(漆黒の追迹者) 2009/04/18 （未推出）
001 云霄飞车杀人事件
002 董事长千金绑架事件——上一集的收尾
005 新干线大爆破事件（漫画是主线，但动画改了）
013 奇怪的寻亲杀人事件（漫画是主线，但动画改了）
048 外交官杀人事件(前篇)
049 外交官杀人事件(后篇)——知道白干可以变大
050 图书馆杀人事件——结尾曲之后，柯南对白干无效
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件——与13集一样的剧情
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)——灰原的话
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)——灰原的话
170 黑暗中的死角(前篇)
171 黑暗中的死角(后篇)——这两集相当重要！！！！
176 与黑暗组织的再会(灰原编)
177 与黑暗组织的再会(柯南编)
178 与黑暗组织的再会(解决编)
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的工藤新一
193 危命的复活 约会的场所
194 意味深长的音乐盒(前篇)——前面开始一部分
223 人鱼又再度哭泣(疑惑篇)——灰原的名字
226 格斗游戏的圈套(前篇)
227 格斗游戏的圈套(后篇)
230 迷一样的乘客(前编)
231 迷一样的乘客(后编)
242 元太的灾难——知道GIN是左撇子
253 本厅的刑事恋爱物语4(前篇)
254 本厅的刑事恋爱物语4(后篇)——赤井秀一的露面
258 来自芝加哥的男人(前编)
259 来自芝加哥的男人(后编)
266 情人节的真相(事件篇)
267 情人节的真相(推理篇)
268 情人节的真相(解决篇)
269 犯罪的纪念品(前编)
270 犯罪的纪念品(后编)
271 急忙掩饰的忽略(前编)
272 急忙掩饰的忽略(后编)
274 幽灵屋的真相(前篇)——新出医生的话
277 英语教师VS西部名侦探(前编)
278 英语教师VS西部名侦探(后编)
279 迷宫的阴暗（前篇）
284 中华街雨中的似曾相识(前编)
285 中华街雨中的似曾相识(后编)
286 工藤新一NY事件(事件编)
287 工藤新一NY事件(推理编)
288 工藤新一NY事件(解决编)
289 迷途森林的光彦(前编)
290 迷途森林的光彦(后编)
307 没有声音的证词(前篇)
308 没有声音的证词(后篇)
309 与黑暗组织接触(交涉编)
310 与黑暗组织接触(追击编)
311 与黑暗组织接触(决死编)
312 染上夕阳的布偶(前篇)——灰原的话
329 金钱买不到的友情(前篇)——博士的话
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
338 4台保时捷（前篇）
339 4台保时捷（后篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
343 便利店的陷阱(前篇)
344 便利店的陷阱(后篇)
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
346 寻找屁股上的印记(前篇)
347 寻找屁股上的印记(后篇)——345集的收尾
361 帝丹高中学校怪谈(前篇)
362 帝丹高中学校怪谈(后篇)
371 沉默的航线(前篇)
372 沉默的航线(后篇)
374 星星和香烟的暗号(前篇)
375 星星和香烟的暗号(后篇)——结尾曲之后一定要看
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（间奏曲）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（后奏曲）
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
425 Black impact! 被组织的魔掌触碰的瞬间
427 充满神秘的上学之路(前篇)
428 充满神秘的上学之路(后篇)——这两集虽然很无聊
429 回不去的二人(前篇)
430 回不去的二人(后篇)
446 被封印的欧式窗(前篇)
447 被封印的欧式窗(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
479 与服部平次共度的3天 2小时特别篇——刚开始的对话
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的撞击 搅乱
499 红与黑的撞击 伪装
500 红与黑的撞击 遗言
501 红与黑的撞击 嫌疑
502 红与黑的撞击 洁白
503 红与黑的撞击 决死
504 红与黑的撞击 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇）
508 卡拉OK包房的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS双重暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
剧场版13（今天10月可以看~）
001云霄飞车杀人事件（组织）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170，171暗阁中的死角（新出登场）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
188－－193危命的复活（新一，兰）
226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230，231谜一样的乘客（赤井登场）
258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284~285中华街雨中的似曾相识
286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）
307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
335，336东都显影所的秘密（有神秘人）
338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429--430无法回到从前的两个人(本堂)
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
这些都是主线-主线是黑衣人
http://bbs.cfan.com.cn/thread-793525-1-1.html
到这里看吧，总结的很全，基本上想要的都有了
我就不给你打了，太多了~~~~~~
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