A、细胞分裂间期，DNA复制，蛋白质合成，染色体复制，结果复制后1条染色体含2条通过一个着丝点连在一起的姐妹染色单体，复制后染色体数目不变，A错误；
B、果蝇是二倍体，体细胞含2个染色体组，有丝分裂后期染色体数目暂时增倍，有4个染色体组，B错误；
C、减数第一次分裂的前期四分体的非姐妹染色单体可发生交叉互换，后期非同源染色体的非等位基因自由组合，都会导致基因重组，C正确；
D、在减数第二次分裂前期的细胞中，中心体不再复制，D错误．
故选：C．
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