A、DNA分子中发生的碱基对的替换、增添和缺失位置是在非基因片段，则不会使基因结构改变，不属于基因突变，A错误；B、基因突变产生的等位基因在减数分裂时遵循基因的分离定律，B错误；C、自然状态下，基因突变的频率很低，但如种群的数量大，则一个种群中突变的基因数量会较多，C错误；D、吸烟致癌与某些化学物质如尼古丁等导致基因突变有关，D正确．故选：D．
