加工贸易相比一般贸易多了个监管的程序，也就是我们说的办手册。通过手册来管理货物的进出情况，海关利用手册来监管客户实际业务中是否有偷税漏税现象。
关于具体的操作流程截自中国海关网，请参考如下 ：
一、加工贸易合同备案
（一）申请备案的条件：
1、加工贸易经营企业必须是具有进出口经营权的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司；
2、加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂；
3、经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记；
4、申请备案的加工贸易合同已经由商务主管部门审核批准。
（二）申请备案时应提交的文件：
1、商务主管部门签发的有效的《加工贸易业务批准证》（1万美元以下的进口辅料除外）；
2、经营企业自身有加工能力的，应当提交其商务主管部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在《加工贸易加工企业生产能力证明》有效期内再次备案的，可提供加盖企业印章的复印件）；
3、经营企业委托加工的，应当提供加工企业所在地县级（含）以上商务主管部门签发给加工企业的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在《加工贸易加工企业生产能力证明》有效期内再次备案的，可提供加盖企业印章的复印件）；
4、国税部门备案证明（来料加工除外）；
5、经营企业签订的加工贸易合同；
6、经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同；
7、加工贸易进出口商品国家有限制性规定的，需提供对口主管部门的许可证件；
8、加盖企业印章的空白加工贸易登记手册；
9、《加工合同备案申请表》；
10、《进口料件备案申请表》；
11、《加工出口成品备案表》；
12、《单耗备案申请表》；
13、经预录入的“企业加工合同备案呈报表”；
14、产品生产工艺流程；
15、为确定单耗和损耗率所需的资料；
16、从事异地加工贸易合同备案，还应提供经营企业主管海关签注意见的《中华人民共和国海关异地加工贸易申请表》；
17、海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
（三）备案办理程序：
1、材料受理
申请人向海关递交材料。海关受理后进行初审。
2、海关审核
海关根据规定审核企业的加工贸易合同和各项资料是否符合国家和海关的有关规定。
3、设立台账
经海关审核通过的合同，需到中国银行设立银行保证金台账（AA类企业的所有合同，A、B类企业一万美元以下的合同除外）。
4、核发手册
按规定已设立银行保证金台账或不需设立台账的合同，由主管海关核发加工贸易登记手册，企业凭以办理加工贸易货物的进出口手续。
（四）办理时限：
自出具《受理通知书》起五个工作日内。
二、加工贸易合同变更
（一）申请合同变更的条件：
1、经营企业和加工企业已取得海关核发的加工贸易登记手册；
2、经营企业已签订加工贸易变更合同；
3、申请变更的加工贸易合同已由商务部门审核批准；
4、合同的变更应在原合同的有效期内。
（二）申请变更时应提交的文件：
1、商务主管部门签发的有效的《<加工贸易业务批准证>变更证明》；
2、经营企业签订的加工贸易变更合同；
3、海关核发的加工贸易登记手册；
4、合同变更申请书；
5、《加工合同备案申请表》、《进口料件备案申请表》、《加工出口成品备案表》、《单耗备案申请表》（填写变更部分）；
6、经预录入的“企业加工合同备案呈报表”（变更部分）；
7、为确定变更后的单耗和损耗率所需的资料；
8、海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
（三）办理程序：
1、材料受理
申请人向海关递交材料。海关受理后进行初审。
2、海关审核
海关根据规定审核企业的加工贸易变更合同和各项资料是否符合国家和海关的有关规定。
3、变更台账
经海关审核通过的合同，需到中国银行设变更银行保证金台账（AA类企业的所有合同，A、B类企业变更后不超过一万美元的合同除外）。
4、核发手册
按规定已变更银行保证金台账或不需变更台账的合同，由主管海关核发变更后的加工贸易登记手册，企业凭以办理加工贸易货物的进出口手续。
（四）办理时限：
自出具《受理通知书》起二十个工作日内。
三、加工贸易核销
（一）申请条件：
1、具有法人资格的加工贸易经营企业；
2、加工贸易合同项下的进口料件已加工复出口；
3、合同履约后的余料、边角料、成品、残次品、副产品已核算清楚，能向海关如实申报；
4、合同履约后的余料、边角料、成品、残次品、副产品等已办理了内销征税、退运、放弃或余料结转等手续；
5、在加工贸易手册项下最后一批成品出口或者加工贸易手册到期之日起30日内提出；
6、加工贸易合同因故提前终止的，应当自合同终止之日起30日内提出。
（二）申请时应提交的文件：
1、合同核销申请表；
2、加工贸易登记手册，包括分册、续册；
3、齐全、有效的进出口报关单（按《登记手册》的进出口记录顺序编列）；
进出口报关单票数和相关内容应当与登记手册进出口登记栏的进出口记录一致；
4、核销核算表；
5、合同履约后的余料、边角料、成品、残次品、副产品等已办理过内销征税、放弃、销毁等手续的，应提供税单复印件等资料和证明文件；
6、备案后因故中止执行、未发生进出口而申请撤销的合同，应提供商务主管部门的批件；
7、遗失进出口报关单的合同，提交报关单留存联、补发联，或加盖原报关地海关印章的报关单复印件；
8、遗失《登记手册》的合同，应向海关提供遗失情况的书面说明。必要时提供手册遗失证明；
9、其他海关需要的资料，如排料图、线路图、配方表等。
（三）办理程序：
1、报核受理
企业向海关递交核销所需要的各项文件。海关审核后受理。
2、海关核销
海关对企业报核的合同审核，并出具台帐核销联系单；企业凭海关开出的台账核销联系单到中国银行核销台账。
3、核销结案
海关凭银行开出的台账核销通知书核发加工贸易合同结案通知书。
（四）办理时限：
自受理报核之日起二十个工作日内。
附系统录入截图供参考！
1.基本信息：
2.料件表：
3.单耗表：
4. 成品表：
申请进料加工贸易手册。
商务部门先审批，再拿着这个批文去海关申请办理免税手册。第一次申请还得有商务部门出具的加工能力证明。
建议请个报关员，业务不多的可以找个兼职的。
报关的时候，按来料加工报就可以了
