果汁有害物质检测主要有污染物限量、真菌毒素限量、农药残留限量、兽药残留限量、微生物限量等几大指标，当然，这些指标还可以细分，比如微生物限量指标就有大肠菌群、霉菌和酵母、黄金色葡萄球菌、沙门氏菌等。具体可根据检测标准来查找，相关的检测标准主要有：
GB 17325-2015 食品安全国家标准 食品工业用浓缩液（汁、浆）
GB 23200.7-2016 食品安全国家标准 蜂蜜、果汁和果酒中497种农药及相关化学品残留量的测定
GB/T 23585-2009 预防和降低苹果汁及其他饮料的苹果汁配料中展青霉素污染的操作规范
SN/T 2655-2010 进出口果汁中纳他霉素残留量检测方法 高效液相色谱法
有害物质:生物毒素测定、农药残留、兽药残留
甲醇农药，生长素催熟剂还有激素
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