放线菌虽然与细菌相近，但与细菌的区别在于放线菌有真正分枝的菌丝体，而细菌没有菌丝体。放线菌虽然有发育良好的菌丝体，但无隔断，为单细胞，菌丝内不具有完整的核。霉菌同样是菌丝体，但分两种，一种是无隔断单细胞，但是含有多个细胞核，还有一种是菌丝体有隔断，整个菌丝是有多细胞构成。
细菌和放线菌均要在油镜下才能观察的清楚，而霉菌在40倍下就能观察，在做显微观察之前可从菌落的做初步判断，细菌和放线菌的区别主要在于，放线菌可以观察到菌丝体，做片取材好的话，可以看到基内菌丝和气生菌丝。
分两类一种是无隔断单细胞，但是含有多个细胞核，还有一种是菌丝体有隔断，整个菌丝是有多细胞构成
根据个体的大小
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