国外公司收取商标使用费如何扣缴税款

境内工厂向境外母公司支付商标使用费，该商标使用合同已经登记，用于该工厂出口和内销的所有商品，支付使用费时已代扣代缴相应税款。
在计算企业所得税时，《企业所得税法实施条例》
第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
第四十一条第（一）款规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。
第四十七条规定，企业实施其他不具有合理商业目的的安排而减少其应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。
《企业所得税法实施条例》第一百一十一条规定，企业所得税法第四十一条所称合理方法，包括：
（一）可比非受控价格法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来的价格进行定价的方法；
（二）再销售价格法，是指按照从关联方购进商品再销售给没有关联关系的交易方的价格，减除相同或者类似业务的销售毛利进行定价的方法；
（三）成本加成法，是指按照成本加合理的费用和利润进行定价的方法；
（四）交易净利润法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来取得的净利润水平确定利润的方法；
（五）利润分割法，是指将企业与其关联方的合并利润或者亏损在各方之间采用合理标准进行分配的方法；
（六）其他符合独立交易原则的方法。
根据上述规定，境内工厂与境外母公司为关联方，其向境外母公司支付商标使用费符合独立交易原则，同时具备合理商业目的的安排，并且与境内工厂取得收入有关、合理的支出，可以在境内工厂的所得税前扣除。否则，税务机关有权按照合理的方法调整。