①摩尔根通过果蝇的杂交实验证明了基因在染色体上；
②格里菲斯肺炎双球菌转化实验采用注射法，给小鼠注射不同的肺炎双球菌，观察小鼠是否死亡；
③鲁宾和卡门证明光合作用释放的氧气来自水采用了同位素标记法；
④卡尔文有关光合作用中碳转化途径的研究采用了同位素标记法；
⑤赫尔希和蔡斯噬菌体侵染细菌的实验采用了同位素标记法；
⑥米尔斯坦和科勒单克隆抗体的制备采用了细胞工程中的细胞融合技术．
综上所述，③④⑤采用了同位素标记法．
故选：C．
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