小米三桌面文件夹消失了，里面的应用图标也消失了，没有在文件夹里的应用图标都还在，应用都在，可以通过

请问你的手机系统版本是什么？请你进行以下操作试试：
1、小米手机自带类似安全类软件在后台运行，如果你安装了其他的安全类的软件可能会造成冲突，不建议你再安装第三方安全类软件，安装这些软件可能会影响手机的正常使用。
2、如果你的系统不是最新的系统版本，建议你开启网络，更新系统版本试试。新的系统版本会增加一些新的功能和修复旧版本的一些问题。
3、如果还是不可以，建议你试试备份清空数据试试，可能是数据造成干扰的。备份：安全中心-备份-新建备份，备份你需要的数据。清空数据：关机状态下，按住音量加键和关机键，等出现开机画面时松手，即可进入Recovery。进入Recovery>中文>清除数据>清空所有数据。
4、你还可以使用线刷刷机试试，线刷更彻底。刷机之前建议你先备份。
A请你下载官方的ROM包，ROM下载：
http://rom.xiaomi.cn/
B请你根据刷机教程进行刷机，刷机教程：http://bbs.xiaomi.cn/thread-3104435-1-1.html
第6种就是线刷。
5、如果都无法解决，请你前往你附近的小米授权服务站让工程师现场检测一下。服务站地址和电话查询：http://www.xiaomi.com/service/poststation/
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