霉菌的菌落有浓厚的毛茸茸的菌丝，显微镜下（40倍物镜）菌丝比较粗大，而且有横隔，能看到细胞内部结构，10倍物镜就能看清菌丝的轮廓。
酵母菌的菌落比较厚，显微镜下是椭圆形细胞，有的大细胞上还带着较小的芽（小细胞），40倍物镜下可以看到细胞中的细胞器。
细菌的菌落比较稀薄，单细胞很小，低倍（10倍）显微镜下看不清，油镜下（100倍物镜）才能看清轮廓，看不到细胞内部结构。
放线菌是丝状细菌，菌落有干干的类似霉菌的菌丝，但是比霉菌细小的多，也需要油镜100倍物镜）才能看清楚轮廓，看不到细胞内部结构。
病毒没有细胞结构，没有细胞壁保护，因此其结构容易被破坏。对抗生素不敏感也是没有细胞结构的原因，它在寄生到宿主细胞前不具有生物活性，没有抗生素的作用靶标。
抗生素就是微生物的次级代谢产物。
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