从基因重组的定义上说，基因重组指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因重新组合。但这只是在自然状态下。
而基因工程（基因拼接技术、DNA重组技术）是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图，在体外构建杂种DNA分子，然后导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品。
可见，基因工程中包括了基因重组，但是在人工干预下进行的，是人工主导的，所以在基因工程中，不需要生物的有性生殖过程。
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