中巴经济走廊的建设也面临许多困难。此前中巴已有在两国开设自贸区、打通经济走廊的尝试，但由于安全、交通、电力等问题阻碍，并未实现真正的互联互通。以连接巴基斯坦和中国的主要陆上“生命线”喀喇昆仑公路为例。该公路建于上世纪60年代，年久失修，加之春季融雪、夏季降雨等原因时常形成堰塞湖阻断交通，有时一年之中有半年时间无法通行。巴基斯坦国内的政局动荡、安全问题突出、电力短缺等因素也对走廊的贯通形成挑战。
