瓜类作物对许多药剂敏感，易发生药害，尤其苗期抗药力弱，用药应十分慎重，对于未使用过的药剂及瓜类蔬菜新品种，在打药处理前应先做药害测试。已知辛硫磷、西维因对瓜类作物有药害，不能使用。此外，敌敌畏、克螨特对瓜幼苗也敏感，苗期用药要谨慎。
瓜类蔬菜是直接食用的作物，并且采摘期长。原则上进入采摘期前10天应停止用药，要严格遵守国家规定的《农药合理使用准则》进入采摘期后应停止使用农药，如发生虫害迫不得已必须用药，也只能选用高效、速效分解快的药剂，并且一定要等到越过安全间隔期再恢复采摘，如使用菊酯类杀虫剂之后5～7天即可收获。
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