A、单倍体是体细胞中含本物种配子染色体数的个体，二倍体生物的单倍体只含一个染色体组，而多倍体生物的单倍体则可以含多个染色体组，存在同源染色体，A错误；
B、21三体综合征患者的体细胞中21号染色体有三条，两个染色体组，B错误；
C、人的初级卵母细胞中的基因已经复制，如果发生基因突变或交叉互换，则在一个染色体组中可能存在等位基因，C正确；
D、多倍体通常是用秋水仙素处理萌发的种子或幼苗，使其染色体加倍，但不一定均加倍，另外含有4个染色体组的细胞处于有丝分裂后期时则含有8个染色体组，D错误．
故选：C．
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