公司的制度违反劳动法怎么办？侵犯劳动者权益怎么办？

分析：
这个问题要看公司是否实行的是标准工作制，如果是非标准工作制，要看工作时间是否符合法律规定（也可能综合工时或者调休或者不定时工作制），如果两者皆不是，那就要收集加班的证据，包括上下班打卡记录、同事证明、签到、工作内容等，证据确凿，可以携带有关证据到当地的劳动局申请劳动仲裁要回个人加班所得，对仲裁不服的，可以向人民法院起诉，具体流程请参考网上的。

参考法律：
《劳动合同法》
第三十一条　用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

《劳动争议调解仲裁法》
第九条用人单位因违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费，经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法受理。
第二十八条 申请人申请劳动仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人提交副本。
(一) 劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；
(二) 仲裁请求和所根据的事实、理由；
(三) 证据和证据来源、证人姓名和住所。
书写仲裁申请确有困难的，可以口头申请，由劳动仲裁委员会记入笔录，并告知对方当事人。
《劳动法》
第三十六条
国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第四十一条
用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
第四十四条
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

公司制度不得与劳动法相冲突。应当按照劳动法规定。可向劳动监察部门反映。

处于保护你自身利益考虑，建议如下：
1，保留出勤和未发加班费的证据
2，确认合同或者其他管理条例中没有综合工资等免责条款；
3，边干边找别的企业
4，找到了跳槽，然后可以追索一年的加班费，（劳动法规定自侵害或者应当知道侵害发生之日起，一年内）

这样既可以拿回一年的加班费，又不会因你现在告他被企业打击报复。

有法必须从法。