在南直隶的治所所在地应天府，应天府，设：
府尹一人，府丞一人，治中一人，通判二人，推官一人，经历、知事、照磨、检校各一人。儒学教授一人，训导六人。
应天府所辖上元、江宁二县：
各知县一人，县丞一人，主簿一人，典史一人。司狱司，司狱一人。织染局，大使一人，左、右副使各一人。
除了应天府外，南直隶所辖的凤阳府、苏州府、松江府、常州府、镇江府、扬州府、淮安府、庐州府、安庆府、太平府、宁国府、池州府、徽州府、广德州、和州、滁州、徐州等府州及所辖县的官吏设置与其它布政司辖下的府州县没有什么不同。
北、南直隶与其它布政使司的行政设置有所不同，并不设最高行政长官，府尹、知府、知州直接对朝廷负责，顺天府及北直隶的其它府州直接由中央管辖，应天府及南直隶的其它府州则直接对南京各部门负责。因此，并不像设置三司。
虽然我很聪明，但这么说真的难到我了
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