肝门静脉由脾静脉和肠系膜上静脉在胰头和胰体交界处的后方汇合而成。 肝门静脉长约6-8cm，直径为1.25cm,是肝门静脉系的主干，肝门静脉与一般静脉不同的是其回流的起始端和分支末端都与毛细血管相连，而且属支内没有功能性的静脉瓣。肝门静脉收集食管下段、胃、小肠、大肠（直肠下部除外）、胆囊、胰和脾第腹腔不成对器官的静脉血。肝门静脉与上、下腔静脉系之间的吻合部位主要有：食管静脉丛、直肠静脉丛、脐周围静脉丛、脊柱静脉丛、肝裸区等部位的静脉丛。
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