1978年7月23日，孙燕姿出生于新加坡，祖籍中国广东省潮州市，父亲孙耀宏是新加坡南洋理工大学电机系教授，母亲是一名教师。姐姐孙燕佳比燕姿大三岁，任职新加坡巴克莱投资银行副总裁，妹妹孙燕美小六岁，是新加坡国立大学医学硕士，燕姿作为家中的第二个女儿，次+女=姿，故取名“燕姿” 。
孙燕姿毕业于新加坡南洋理工大学，父亲是燕姿音乐的启蒙者，燕姿从小热爱音乐，五岁开始学钢琴，十岁第一次在舞台上唱歌，十八岁写下第一首自己作词作曲的歌《Someone》 。
大学时，母亲为燕姿报名李伟菘音乐学校，开始学习唱歌，担任校园乐队主唱，碰巧当时即将上任华纳音乐董事长的周建辉到访李伟菘音乐学校，李伟菘安排数位表现较好的学员唱歌，孙燕姿独特的的嗓音和扎实的音乐功底引起华纳制作人的关注，表示要签约，但由于孙燕姿的父亲坚持要女儿完成学业后才签约，于是唱片公司决定等她两年，在2000年她才正式签约华纳唱片 。
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