A、蛋白质的多样性与组成蛋白质的氨基酸的种类、数目、排列顺序和肽链的空间结构有关，与肽键无关，A错误；B、DNA和ATP都含有C、H、O、N、P，所以P是DNA和ATP共有的元素，B正确；C、细胞膜上Na+的载体是蛋白质，基本单位是氨基酸，质粒的本质是DNA基本单位是脱氧核苷酸，二者基本单位不一致，C错误；D、ADP含有一个高能磷酸键，含有两个高能磷酸键的是ATP，D错误．故选：B．
