报关工作的全部程序分为申报、查验、放行三个阶段。
（一）进出口货物的申报
进出口货物的收、发货人或者他们的代理人，在货物进出口时，应在海关规定的期限内，按海关规定的格式填写进出口货物报关单，随附有关的货运、商业单据，同时提供批准货物进出口的证件，向海关申报。报关的主要单证有以下几种：
进口货物报关单。一般填写一式二份（北京海关要求报关单份数为三份）。报关单填报项目要准确、齐全、字迹清楚，不能用铅笔；报关单内各栏目，凡海关规定有统计代号的，以及税则号列及税率一项，由报关员用红笔填写；每份报关单限填报四项货物；如发现情况有无或其他情况需变更填报内容的，应主动、及时向海关递交更改单。
出口货物报关单。一般填写一式两份（北京海关要求三份）。填单要求与进口货物报关单基本相同。如因填报有误或需变更填报内容而未主动、及时更改的，出口报关后发生退关情况，报关单位应在三天内向海关办理更正手续。
随报关单交验的货运、商业单据。任何进出口货物通过海关，都必须在向海关递交以填好的报关单的同时，交验有关的货运和商业单据，接受海关审核诸种单证是否一致，并由海关审核后加盖印章，作为提取或发运货物的凭证。随报关单同时交验的货运和商业单据有：海运进口提货单；海运出口装货单（需报关单位盖章）；陆、空运运单；货物的发票（其份数比报关单少一份，需报关单位盖章等）；货物的装箱单（其份数与发票相等，需报关单位盖章）等。需要说明的是如海关认为必要，报关单位还应交验贸易合同、定货卡片、产地证明等。另外，按规定享受减、免税或免验的货物，应在向海关申请并已办妥手续后，随报关单交验有关证明文件。
进（出）口货物许可证。进出口货物许可证制度，是对进出口贸易进行管理的一种行政保护手段。我国与世界上大多数国家一样，也采用这一制度对进出口货物、物品实行全面管理。必须向海关交验进出口货物许可证的商品并不固定，而是由国家主管部门随时调整公布。凡按国家规定应申领进出口货物许可证的商品，报关时都必须交验由对外贸易管理部门签发的进出口货物许可证，并经海关查验合格无误后始能放行。但对外经济贸易合作部所属的进出口公司、经国务院批准经营进出口业务的个部位所属的工贸公司、个省（直辖市、自治区）所属的进出口公司，在批准的经营范围内进出口商品，视为以取得许可，免领进出口货物许可证，只凭报关单即可向海关申报；只有在经营进出口经营范围以外的商品时才需要交验许可证。
商检证书。海关指示报关单位出具商检证书，一方面是监督法定检验商品是否已经接受法定的商检机构检验；另一方面是取得进出口商品征税、免税、减税的依据。根据《中华人民共和国进出口商品检验法》以及《商检机构实施检验的进出口商品种类表》规定，凡列入《种类表》的法定检验的进出口商品，均应在报关前向商品检验机构报验。报关时，对进口商品，海关凭商检机构签发的检验证书或在进口货物报关单上加盖的印章验收。
除上述单证外，对国家规定的其他进出口管制货物，报关单位也必须向海关提交由国家主管部门签发的特定的进出口货物批准单证，由海关查验合格无误后再予以放行。诸如食品卫生检验，药品检验，动植物检疫，文物出口签定，金银及其制品的管理，珍贵稀有野生动物的管理，进出口射击运动、狩猎用枪支弹药和民用爆破物品的管理，进出口音像制品的管理等均属此列。
（二）进出口货物的查验
进出口货物，除海关总署特准查验的以外，都应接受海关查验。查验的目的是核对报关单证所报内容与实际到货是否相符，有无错报、漏报、瞒报、伪报等情况，审查货物的进出口是否合法。
海关查验货物，应在海关规定的时间和场所进行。如有特殊理由，事先报经海关同意，海关可以派人员在规定的时间和场所以外查询。申请人应提供往返交通工具和住宿并支付费用。
海关查验货物时，要求货物的收、发货人或其代理人必须到场，并按海关的要求负责办理货物的搬移、拆装箱和查验货物的包装等工作。海关认为必要时，可以径行开验、复验或者提取货样、货物保管人应当到场作为见证人。
查验货物时，由于海关关员责任造成被查货物损坏的，海关应按规定赔偿当事人的直接经济损失。赔偿办法：由海关关员如实填写《中华人民共和国海关查验货物，物品损坏报告书》一式两份，查验关员和当事人双方签字，各流一份。双方共同商定货物的受损程度或修理费用（必要时，可凭公证机构出具的鉴定证明确定），以海关审定的完税价格为基数，确定赔偿金额。赔偿金额确定后，由海关填发《中华人民共和国海关损坏货物、物品赔偿通知单》，当事人自收到《通知单》之日起，三个月内凭单向海关领取赔款或将银行帐号通知海关划拨，逾期海关不再赔偿。赔款一律用人民币支付。
（三）进出口货物的放行
海关对进出口货物的报关，经过审核报关单据、查验实际货物，并依法办理了征收货物税费手续或减免税手续后，在有关单据上签盖放行章，货物的所有人或其代理人才能提取或装运货物。此时，海关对进出口货物的监管才算结束。
另外，进出口货物因各种原因需海关特殊处理的，可向海关申请担保放行。海关对担保的范围和方式均有明确的规定。
再详细点说如下：
进口报关的基本程序：接受申报→审核单证→查验货物→办理征税→结关放行。
1.用换来的提货单（1、3）联并附上报关单据前去报关。报关单据：提货单（1、3）联海关放行后，在白联上加盖放行章，发还给进口方作为提货的凭证。正本箱单、正本发票、合同、进口报关单一式两份、正本报关委托协议书、海关监管条件所涉及的各类证件。
注意事项：
（1）接到客户全套单据后，应确认货物的商品编码，然后查阅海关税则，确认进口税率、确认货物需要什么监管条件，如需做各种检验，则应在报关前向有关机构报验。报验所需单据：报验申请单、正本箱单发票、合同、进口报关单两份。
（2）换单时应催促船舶代理部门及时给海关传舱单，如有问题应与海关舱单室取得联系，确认舱单是否转到海关。
（3）当海关要求开箱查验货物时，应提前与场站取得联系，调配机力将所查箱子调至海关指定的场站。（事先应与场站确认好调箱费、掏箱费。）2.若是法检商品应办理验货手续。如需商检，则要在报关前，拿进口商检申请单（带公章）和两份报关单办理登记手续，并在报关单上盖商检登记在案章以便通关。验货手续在最终目的地办理。如需动植检，也要在报关前拿箱单发票合同报关单去代报验机构申请报验，在报关单上盖放行以便通关，验货手续可在通关后堆场进行。
3.海关通关放行后应去三检大厅办理三检。向大厅内的代理报验机构提供箱单、发票、合同报关单，由他们代理报验。报验后，可在大厅内统一窗口交费。并在白色提货单上盖三检放行章。
4.三检手续办理后，去港池大厅交港杂费。港杂费用结清后，港方将提货联退给提货人供提货用。
5.所有提货手续办妥后，可通知事先联系好的堆场提货。
注意事项：
（1）首先应与港池调度室取得联系安排计划。
（2）根据提箱的多少与堆场联系足够的车辆尽可能按港方要求时间内提清,以免产生转栈堆存费用。
（3）提箱过程中应与堆场有关人员共同检查箱体是否有重大残破，如有，要求港方在设备交接单上签残。
6.重箱由堆场提到场地后，应在免费期内及时掏箱以免产生滞箱。
7.货物提清后，从场站取回设备交接单证明箱体无残损，去船公司或船舶代理部门取回押箱费用。
报关注册和备案登记---异地报关备案——中国国际海运网
一、异地报关备案的含义
异地报关备案的含义是已在所在关区办理了报关注册登记手续的报关单位为取得在其他海关关区报关的权利，而在有关关区主管海关办理的一项批准手续。
由于海关不再从地域上对进出口企业加以限制，因此各省、自治区、直辖市的进出口企业，都可在全国各海关办理报关备案手续，从事报关活动，包括广东、福建两省的进出口企业。
二、对特区企业异地报关备案管理
深圳、珠海、汕头、厦门、海南五个经济特区的企业可以在特区外的海关办理异地报关备案手续，并可办理经国家批准经营商品的出口报关业务。但对进口商品和国家统一经营的出口商品，除海关总署已通知在全国海关或在部分口岸报关的以外，目前仍只限在该特区内报关。
三、异地报关备案的手续
（一）自理报关企业
自理报关企业申请去其它海关办理自理报关备案手续，须向其所在地海关提交如下文件：
1.国务院、外经贸部和省级经贸主管部门批准成立企业的证件复印件一份（指国有、集体、个体企业）或主管机关批准的《中华人民共和国外商投资企业批准证书》复印件一份（三资企业）。
2.经贸主管部门或其授权部门核发的关于合同、章程的批复的复印件一份（国有、集体、个体企业及外商独资企业免交合同的复印件）。
3.工商行政管理局核发的营业执照副本的复印件；
4.本公司的合同、章程的复印件一分（国有、集体、个体企业及外商独资企业免交合同）。
5.开户银行出具的银行资信证明复印件。
6.报关专用章印鉴。
7.《自理报关注册登记证明书》复印件。
海关审核上述文件齐全、有效，则发给申请办理异地转关备案企业《自理报关备案申请书》一式二份，企业须按《申请书》的有关事项准确填写，并加盖单位印章，连同上述1～7项文件及《自理报关注册登记证明书》正本递交海关，由海关在《申请书》上加注意见，加盖印章，与其它有关单证制作《关封》，同时在《自理报关注册登记证明书》正本背页《备案情况》栏内批注，加盖印章，一并退交申请单位。其中《关封》送有关海关办理异地报关备案手续。
自理报关单位到其它关区办理异地报关备案手续，应向异地备案地海关提交注册地海关制发的关封.
（一）款1～7所列文件及有注册地海关签注意见的《自理报关备案申请书》(第一、二联）。经备案地海关审核单证齐全、有效、发给申请单位《办理报关备案登记手续收费通知书》和《领取证书回执》。在约定的日期领取备案地海关签发的《自理报关备案证明书》，便可在该关辖区各口岸办理报关手续。
（二）专业、代理报关企业
专业、代理报关企业在所在地海关注册登记后，只能在该关区办理代理报关业务，特殊情况需要办理专业、代理报关异地备案的单位，须事先向注册地海关提出书面申请，由注册地海关征得异地海关同意，报海关总署批准之后，由注册地海关通知申请单位办理异地报关备案手续。
报关单位申请异地专业、代理报关备案，比照申请自理报关异地备案所提交的文件办理，但办理专业、代理报关异地备案申请，不需填写《自理报关备案申请书》，而应填写《专业报关备案申请书》、《代理报关备案申请书》。
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