理论上通常认为，贪污罪和挪用公款罪的区别主要表现在：
1、两者主观故意的内容不同。贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还;而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。
2、两者的行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、账目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞;而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。在挪用公款案件中，行为人通常会在账面上留下痕迹，甚至会留下借款凭证，没有平账举动，因而通过查账能够发现公款被挪用的事实。
贪污罪与挪用公款罪的关键区别在于行为人主观上是否具有非法占有公款的故意和目的。 根据《最高人民法院关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》第六条的规定，携带挪用的公款潜逃的，依照刑法关于贪污罪的规定定罪处罚。
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