A、实验一的自变量是蔗糖酶浓度，无关变量是蔗糖浓度，因变量是相对反应速率；实验二的自变量是蔗糖浓度，无关变量是蔗糖酶浓度，因变量是相对反应速率，
两组实验的自变量不同，无关变量有差异，因变量相同，A正确；
B、如果系列实验条件温度升高6℃，相对反应速率可能降低，B正确；
C、实验一中，酶浓度低于6%时，反应速率一直随酶浓度7升而7升，说明实验一中，酶浓度低于6%时限制反应速率的因素是蔗糖酶浓度，C错误；
D、实验二中，蔗糖浓度高于20%后，反应速度不再随着蔗糖浓度7升而7升，此时限制反应速率的因素是酶浓度，D正确．
故选：C．
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