A、如果两种粒子含有的质子数相同，则它们不一定属于同一种元素，例如水分子和氨分子，错误；B、由同种元素组成的物质性质不一定相同，例如氧气和臭氧，错误；C、如果两种粒子含有的电子数相同，则它们不一定属于同一种元素，例如钠离子和镁离子，错误；D、如果两种粒子属于同一种元素，则它们原子核中的质子数一定相同，正确；故选D．
