你理解错误了，程序刷新和定时器刷新是两回事，只不过由程序刷新引起的定时器误差是要引起一些小误差，但都是微秒级别的误差了，一年时间误差不会超过两秒。定时器的刷新和扫描的关系只在于执行条件的满足与否的扫描顺序，一旦启动定时器，如果中途不断开条件的话，即便是扫描更新了，但定时器的时间也会继续上次扫描的计时，继续运行。扫描时间是针对输入信号采集和输出信号刷新的，程序的执行条件才会更大的受扫描时间的影响，而定时器基本上可以忽略这种影响，因为定时器一旦启动就不是扫描周期控制了，而是受PLC内部缓存的系统运算控制，都和用户程序关系不大了，用户程序只要告诉它何时起停就可以了。
你可以这样理解，你的程序，如同一排排的房子，扫描周期就像巡视员（PLC）走了一圈，每走一圈时，巡视员会根据当时的情况，给这些房子一个0或1的值，这些值就是输出值。但有些房子比较特殊，如定时器、计数器，只要接通后，不管巡视员来不来，他们会根据自己的情况，自己给出0或1,。
定时器不是你认为的那样工作的，比如1ms定时器，如果设定定时时间10ms，循环时间20ms，定时指令在程序开始，第一个循环结束，定时器时间就到了，因此IO刷新时，定时器状态是1，定时指令在程序尾部，扫描结束，时间未到，定时器状态是0，程序重新开始，扫描到结束，此时定时时间早就超过了20ms，定时器状态才置1.
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