佛教中的五根有两种意思，我怎么判别一部佛经上说的五根是哪种意思？

学佛切忌断章取义，判断“五根”的具体所指，最好的方法就是结合前后，以全文语境来确定。
《佛遗教经》中所说“当制五根，勿令放逸入于五欲”，结合后文的“五欲”，加上前一句“汝等比丘，已能住戒。"首先确定，与戒律相对，那”五欲“所指就是五种妙欲，这句颂词所截取的科判是“根放逸苦对治”，在戒律里，对治五欲所指的“五根”必然就是“眼耳鼻舌身”。
而五无漏根与前者有截然不同的区别，它们强调的是对于降伏烦恼、引入圣道具有增上作用的五种根基，此五根具备者可能生起一切善法。
例如：<杂阿含经>第二十六卷等所说：“抑止烦恼而导入于悟的五种卓越作用。谓信根（信受三宝、四谛）、精进根（勇猛修行正法）、念根（忆念正法）、定根（心止于一境而不动摇）、慧根（思惟真理）五者。

希望可以帮到你~

五根又作五色根。即：眼根（梵caks!urindriya ）、耳根（梵s/rotrendriya ）、鼻根（梵ghra^n!endriya ）、舌根（梵jihvendriya ）、身根（梵ka^yendriya ）五根。

另外一种五根就是信根、进根、定根、念根、慧根。

佛遗教经中所说，当制五根中的是指眼、舌、身，这五根。。。。

“猫粪Vincent|“师兄的回复已经可以解答这个问题，建议采纳。
末学补充一点：
五色根的含义下，五根是“四大所成”“有色有形有质”的器官。
五无漏根的含义下，五根是五种“因修而得”的功德受用。属于二乘法中，修学“三十七道品”所具备的五个条件。
二者含义完全不同，很容易区别。

祝您道业增上！