可以，基本上没有问题的。在留卡跟签证没有关系，即使你n年后还在日本，有可能还是使用那张在留卡。
在留卡上有【在留期间】。
签证是单次签证，入境就失效了。签证有效期是3个月。入境后，在留期间生效。
在【在留卡上的【在留期间】】到期前，申请【在留期间更新】，许可后为你发放新的在留卡。
你不是已经被日本的学校录取了么，当你签证快要到期的时候，有你那个学校的成绩证明和出勤证明就可以去当地出入国管理局办续签，基本上没问题，一般留学签证你可以申请签到毕业。
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