根据税法的规定：
1、纳税人在生产经营期间，向非金融机构借款的利息支出，按照不高于金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予在计算应交企业所得税时从应纳税所得额中扣除。
2、纳税人从关联方取得的借款金额超过其注册资本50%的，超过部分的利息支出，不得在计算应交企业所得税时从应纳税所得额中扣除。
3、自然人个人取得的利息所得，应当缴纳20%的个人所得税，由支付单位履行代扣代缴义务。
因此，题中企业向自然人股东借款发生的利息支出，借款本金在企业注册资本50%以内的部分，其利息支出按照不高于金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予在计算应交企业所得税时从应纳税所得额中扣除。超过规定利率计算的利息支出部分、以及超过规定借款本金而发生的利息支出部分，不得扣除。同时，企业应当就向自然人支付的利息支出（指实际支付的数额，包括计算应交企业所得税时准予扣除的部分和不得扣除的部分）按20%的税率代扣代缴个人所得税。
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