1、具有独立核算的分公司,是否具备缴纳社保的资格,要看是否在当地注册登记,没有注册登记的,不具备缴纳社保的资格;
2、如果可以,总公司拨款也不能作为营业收入,应该挂往来,不是收入,而是投入的费用(也可以是借贷,到了公司账上的钱不一定都是收入,比如银行贷款就不能算是营业收入,而是负债);
3、工资和缴纳五险一金的基数应该一致,否则就是违法的,不过现在很多公司都违法了,国家也默认了,但是工资最好还是不要避税,否则将来工资到底是多少无法举证,而且公司要有充分的现金发另外的工资,如果把部分营业收入不入公司账(很多公司有私人账户收款)是违法的;
4、如果确如你所说,也不怕查账,工资就是往来,只能是投入;
5、分公司不注册,总公司可以委托当地的人事代理公司缴纳五险一金,同样由总公司承担费用。