A、一个培养皿中固体培养基上生长的一个菌落是一个种群,A错误;B、群落演替过程中新的优势种的出现常取代原有优势种,但原有优势种并未被淘汰,B错误;C、发展生态农业可以实现物质循环,能量不能循环利用,C错误;D、生态系统营养结构越复杂,抗外力干扰的能力越强,抵抗力稳定性越高,D正确.故选:D.