A、一个培养皿中固体培养基上生长的一个菌落是一个种群，A错误；B、群落演替过程中新的优势种的出现常取代原有优势种，但原有优势种并未被淘汰，B错误；C、发展生态农业可以实现物质循环，能量不能循环利用，C错误；D、生态系统营养结构越复杂，抗外力干扰的能力越强，抵抗力稳定性越高，D正确．故选：D．
