你情况没有计清楚。
是不是分公司是单独核算的，员工工资不在总公司核算，但员工的社保是由总公司一起支付的，涉及到个人负担部分，每月由分公司单独从员工工资中扣除再转给总公司，总公司并不实际负担，只做垫付。
如果是这种情况，那么总公司会计处理时，应该全部挂与分公司的往来
而分公司按正常情况做社保分录，只是支付时对象不是社保局，而是总公司。
一、总公司分录：
1、缴纳社保时：
借：其他应收款-垫付分公司社保费
贷：银行存款
2、收到分公司交来的社保费
借：银行存款
贷：其他应收款-垫付分公司社保费
二、分公司分录
1、计提公司社保形成负债
借：管理费用-社保费（公司负担部分）（含养老、医疗等，不应该做应付福利费科目）
贷：应付职工薪酬-社保
2、从员工工资中代扣个人负担社保
借：应付职工薪酬-工资（个人负担部分）
借：其他应收款（无工资可扣的特殊情况下）
贷：应付职工薪酬-社保
3、支付给总公司统一缴纳社保
借：银行存款
贷：应付职工薪酬-社保
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