首先，刺客信条的主题便是刺客对圣殿骑士。一代的背景便是红十字军东征，其中圣殿骑士搞鬼，而刺客们去阻止他们的阴谋。二代则是在文艺复兴的意大利，同是圣殿骑士的人阴谋杀害了主角E叔的家人，E叔起初是为了复仇，但渐渐的才发现这是一个很深的故事，便加入了刺客兄弟会，开始了对圣殿骑士的对抗之旅，（在这我不得不纠正很多人的一个误区，刺客信条三部分别为：刺客信条1，刺客信条2，刺客信条2：兄弟会，刺客信条2：启示录，刺客信条3，并不是启示录就是3代这种说法），兄弟会作为中年时代的E叔对抗圣殿骑士的故事，而启示录则是老年的E叔故事。三代则是美国独立战争时期，圣殿骑士联合英国扼杀自由起义，而康师傅暗中帮忙的故事
刺客信条1：
Desmond（戴斯蒙）一觉醒来发现自己被一群人给抓了，他们自称是圣殿骑士，并且知道Desmond是刺客，需要通过Desmond的DNA来探索古代一些伊甸园圣器的信息。于是Desmond就只能被迫进入一台叫Animus的机器，来读取自己祖先留在DNA里的记忆。他读取到了一位刺客大师Altair（阿泰尔）。Altair作为刺客首领Mualim最得意的弟子，被派遣一项任务和两名刺客兄弟去一个古墓中拿取一件宝物，但当Altair到达的时候发现圣殿骑士已经取得了宝物。Altair高估了自己的能力硬碰硬，结果害死了自己的一个兄弟，另一个兄弟夺回了宝物死里逃生。于是回来后Altair被贬为最低等的刺客从头开始学习。同时，师傅Mualim让Altair刺杀九位圣殿骑士首领。Altair一步一步完成任务，但直到杀死最后一位圣殿骑士首领Robert（罗伯特）之后，他才知道原来自己的师傅Mualim是深深隐藏着的第十位圣殿骑士首领，为的就是利用Altair取得宝物，还能干掉自己的同伙。当Altair返回刺客基地马西亚夫城堡的时候，Mualim已经对那件宝物——伊甸园圣器金苹果有所研究，并得到了巨大的力量，但Altair作为正统的刺客，凭自己不屈的毅力杀死了背叛刺客的师傅。回到现代，圣殿骑士们已经对金苹果有所了解，Desmond面临着被处死的危机。同时，他发现在Animus中呆久了之后，学会了Altair的一项独特刺客技能——鹰眼，并通过鹰眼发现了地面、墙壁上的血迹。原来在他之前已经有人被这样当做实验品，但不幸死亡（那就是16号，Desmond是17号）。
刺客信条2：
Desmond在刺客信条1之后本来是准备要处死的，但是Lucy帮他逃了出来，和另外两个现代刺客会合。为了找到伊甸园圣器的下落，Desmond不得不再次进入刺客兄弟会的机器Animus 2.0，这一次他成为了中世纪佛罗伦萨的贵族Ezio Auditore（艾奇奥）。Ezio的父亲和两个兄弟被陷害以后，他在自己的叔叔Mario Auditore（马里奥）的帮助下脱离险境，并且知道自己的家族是刺客家族。于是他开始自己的复仇之路。在复仇的过程中，Ezio慢慢知道了伊甸园圣器的事，并且自己也在慢慢成长，直到有一次圣殿骑士从外地运回威尼斯一件很重要的物品，被Ezio夺到，原来就是金苹果。于是Ezio发现一个事实，就是在罗马有一件伊甸园圣器“教皇权杖”，它和“金苹果”结合就能打开一些秘密。于是刺客们就前往罗马，一来为了杀死陷害Ezio一家的罗马教皇Rodrigo Borgia（罗德里格·波奇亚），二来为了抢夺教皇权杖。谁知Rodrigo早有准备，反刺伤了Ezio，抢了他的金苹果。但是Rodrigo没有刺客的血统，结合了教皇权杖和金苹果，但却无法激活。而后Ezio赶来，两人赤手空拳搏斗，Ezio最终胜利，但心一软没有杀死这位陷害自己一家的幕后主使。Rodrigo逃脱。Ezio身为正统刺客，发现自己的血统使两件伊甸园圣器合体激活，打开了罗马教堂地下的一间密室，而密室中出现的影像却是给后来人，也就是给现代正统刺客Desmond的信息。然而回到现代，正在此时，圣殿骑士出现，Lucy和Desmond不得不展开战斗，Desmond通过Animus的血统效应已经学会了Ezio的一些技能，击退了圣殿骑士以后逃离。
刺客信条兄弟会：
Desmond和Lucy一行人一直逃到蒙特奥吉欧尼，也就是中世纪Ezio叔叔Mario的庄园。他们开始继续搜索金苹果的下落。回到Animus中，Ezio打败Rodrigo之后载誉归来，回到Mario的庄园，但不想第二天凌晨，Rodrigo的儿子Cesare Borgia带兵攻打庄园，并最终抢夺了金苹果，还杀死了Mario。Ezio也只能带伤逃离。逃离了以后，他孤身一人来到罗马，再次踏上了复仇之路。在Machiavelli（马基雅维利）、Da Vinci（达芬奇）和罗马当地的佣兵、交际花和盗贼的帮助下，Ezio解放了罗马，拿回了金苹果，并最终杀死了Cesare。夺回金苹果后，Ezio把它埋在了罗马大剧场地下的一间密室里。回到现代，Desmond等人立即赶往罗马大剧场遗址，并进入密室，拿到了金苹果。但Desmond一碰到金苹果之后就被控制，不由自主走向Lucy，刺杀了她，随后陷入了昏迷。
刺客信条启示录：
Desmond昏迷之后，其他刺客急忙将他放回了Animus，希望通过Animus能让他苏醒。在Animus中，Desmond的意识和肉体已经分离，他的意识遇见了另一位在Animus中游荡的“16号”意识，来自一位现代已经遇害的刺客。16号告诉他只有在Altair、Ezio和Desmond完全同步的时候才能让Desmond找回自我。于是Desmond第三次进入了Ezio的记忆。Ezio为了寻找古老刺客的知识，来到了Altair所在的马西亚夫城堡，发现一间Altair建造的密室。为了打开密室，Ezio必须找到五把Altair留下的钥匙，而这些钥匙已经被当时马可波罗的父亲带去君士坦丁堡埋藏。到了君士坦丁堡之后Ezio卷入了宫廷斗争，还认识了一位有魅力的女人Sofia（索菲亚）。找到五个钥匙之后，Ezio和Sofia一起回到了马西亚夫城堡，打开了密室，见到了Altair的遗体和Altair留下的另一个力量更强大的金苹果。这时金苹果又被激活，Altair、Ezio和Desmond的意识完全同步，Desmond聆听了人类诞生前的文明留下的信息，需要Desmond拯救世界。在那之后，Ezio扔下了身上的武器，把它们和金苹果放在一起留在了密室，结束了自己的刺客生涯。回到现代，Desmond从Animus中苏醒了过来。
刺客3：
讲的是一个新的祖先康纳，desmond又再次经历这个祖先的人生后找到解放神殿的3个能源后，放出了神朱诺从而拯救了世界，但自己去牺牲了。目前desmond的尸体被圣殿骑士给回收了。
刺客信条1：Desmond（戴斯蒙）一觉醒来发现自己被一群人给抓了，他们自称是圣殿骑士，并且知道Desmond是刺客，需要通过Desmond的DNA来探索古代一些伊甸园圣器的信息。于是Desmond就只能被迫进入一台叫Animus的机器，来读取自己祖先留在DNA里的记忆。他读取到了一位刺客大师Altair（阿泰尔）。Altair作为刺客首领Mualim最得意的弟子，被派遣一项任务和两名刺客兄弟去一个古墓中拿取一件宝物，但当Altair到达的时候发现圣殿骑士已经取得了宝物。Altair高估了自己的能力硬碰硬，结果害死了自己的一个兄弟，另一个兄弟夺回了宝物死里逃生。于是回来后Altair被贬为最低等的刺客从头开始学习。同时，师傅Mualim让Altair刺杀九位圣殿骑士首领。Altair一步一步完成任务，但直到杀死最后一位圣殿骑士首领Robert（罗伯特）之后，他才知道原来自己的师傅Mualim是深深隐藏着的第十位圣殿骑士首领，为的就是利用Altair取得宝物，还能干掉自己的同伙。当Altair返回刺客基地马西亚夫城堡的时候，Mualim已经对那件宝物——伊甸园圣器金苹果有所研究，并得到了巨大的力量，但Altair作为正统的刺客，凭自己不屈的毅力杀死了背叛刺客的师傅。回到现代，圣殿骑士们已经对金苹果有所了解，Desmond面临着被处死的危机。同时，他发现在Animus中呆久了之后，学会了Altair的一项独特刺客技能——鹰眼，并通过鹰眼发现了地面、墙壁上的血迹。原来在他之前已经有人被这样当做实验品，但不幸死亡。（那就是16号，Desmond是17号。）
刺客信条2：Desmond在刺客信条1之后本来是准备要处死的，但是Lucy帮他逃了出来，和另外两个现代刺客会合。为了找到伊甸园圣器的下落，Desmond不得不再次进入刺客兄弟会的机器Animus 2.0，这一次他成为了中世纪佛罗伦萨的贵族Ezio Auditore（艾奇奥）。Ezio的父亲和两个兄弟被陷害以后，他在自己的叔叔Mario Auditore（马里奥）的帮助下脱离险境，并且知道自己的家族是刺客家族。于是他开始自己的复仇之路。在复仇的过程中，Ezio慢慢知道了伊甸园圣器的事，并且自己也在慢慢成长，直到有一次圣殿骑士从外地运回威尼斯一件很重要的物品，被Ezio夺到，原来就是金苹果。于是Ezio发现一个事实，就是在罗马有一件伊甸园圣器“教皇权杖”，它和“金苹果”结合就能打开一些秘密。于是刺客们就前往罗马，一来为了杀死陷害Ezio一家的罗马教皇Rodrigo Borgia（罗德里格·波奇亚），二来为了抢夺教皇权杖。谁知Rodrigo早有准备，反刺伤了Ezio，抢了他的金苹果。但是Rodrigo没有刺客的血统，结合了教皇权杖和金苹果，但却无法激活。而后Ezio赶来，两人赤手空拳搏斗，Ezio最终胜利，但心一软没有杀死这位陷害自己一家的幕后主使。Rodrigo逃脱。Ezio身为正统刺客，发现自己的血统使两件伊甸园圣器合体激活，打开了罗马教堂地下的一间密室，而密室中出现的影像却是给后来人，也就是给现代正统刺客Desmond的信息。然而回到现代，正在此时，圣殿骑士出现，Lucy和Desmond不得不展开战斗，Desmond通过Animus的血统效应已经学会了Ezio的一些技能，击退了圣殿骑士以后逃离。
刺客信条兄弟会：Desmond和Lucy一行人一直逃到蒙特奥吉欧尼，也就是中世纪Ezio叔叔Mario的庄园。他们开始继续搜索金苹果的下落。回到Animus中，Ezio打败Rodrigo之后载誉归来，回到Mario的庄园，但不想第二天凌晨，Rodrigo的儿子Cesare Borgia带兵攻打庄园，并最终抢夺了金苹果，还杀死了Mario。Ezio也只能带伤逃离。逃离了以后，他孤身一人来到罗马，再次踏上了复仇之路。在Machiavelli（马基雅维利）、Da Vinci（达芬奇）和罗马当地的佣兵、交际花和盗贼的帮助下，Ezio解放了罗马，拿回了金苹果，并最终杀死了Cesare。夺回金苹果后，Ezio把它埋在了罗马大剧场地下的一间密室里。回到现代，Desmond等人立即赶往罗马大剧场遗址，并进入密室，拿到了金苹果。但Desmond一碰到金苹果之后就被控制，不由自主走向Lucy，刺杀了她，随后陷入了昏迷。
刺客信条启示录：Desmond昏迷之后，其他刺客急忙将他放回了Animus，希望通过Animus能让他苏醒。在Animus中，Desmond的意识和肉体已经分离，他的意识遇见了另一位在Animus中游荡的“16号”意识，来自一位现代已经遇害的刺客。16号告诉他只有在Altair、Ezio和Desmond完全同步的时候才能让Desmond找回自我。于是Desmond第三次进入了Ezio的记忆。Ezio为了寻找古老刺客的知识，来到了Altair所在的马西亚夫城堡，发现一间Altair建造的密室。为了打开密室，Ezio必须找到五把Altair留下的钥匙，而这些钥匙已经被当时马可波罗的父亲带去君士坦丁堡埋藏。到了君士坦丁堡之后Ezio卷入了宫廷斗争，还认识了一位有魅力的女人Sofia（索菲亚）。找到五个钥匙之后，Ezio和Sofia一起回到了马西亚夫城堡，打开了密室，见到了Altair的遗体和Altair留下的另一个力量更强大的金苹果。这时金苹果又被激活，Altair、Ezio和Desmond的意识完全同步，Desmond聆听了人类诞生前的文明留下的信息，需要Desmond拯救世界。在那之后，Ezio扔下了身上的武器，把它们和金苹果放在一起留在了密室，结束了自己的刺客生涯。回到现代，Desmond从Animus中苏醒了过来。
刺客3讲的是一个新的祖先康纳，desmond又再次经历这个祖先的人生后找到解放神殿的3个能源后，放出了神朱诺从而拯救了世界，但自己去牺牲了。目前desmond的尸体被圣殿骑士给回收了。 打字辛苦，请采纳
首先，刺客信条的主题便是刺客对圣殿骑士。一代的背景便是红十字军东征，其中圣殿骑士搞鬼，而刺客们去阻止他们的阴谋。二代则是在文艺复兴的意大利，同是圣殿骑士的人阴谋杀害了主角E叔的家人，E叔起初是为了复仇，但渐渐的才发现这是一个很深的故事，便加入了刺客兄弟会，开始了对圣殿骑士的对抗之旅，（在这我不得不纠正很多人的一个误区，刺客信条三部分别为：刺客信条1，刺客信条2，刺客信条2：兄弟会，刺客信条2：启示录，刺客信条3，并不是启示录就是3代这种说法），兄弟会作为中年时代的E叔对抗圣殿骑士的故事，而启示录则是老年的E叔故事。三代则是美国独立战争时期，圣殿骑士联合英国扼杀自由起义，而康师傅暗中帮忙的故事
1代戴斯蒙的祖先是阿泰尔（主要场景：马西亚夫，君士坦丁堡），2代、兄弟会、启示录祖先是艾吉欧（主要场景：意大利城市佛罗伦萨，威尼斯，蒙泰利久尼，圣吉米纳诺，罗马，马西亚夫，君士坦丁堡），3代祖先是康纳（主要场景：美国波士顿、纽约，以及开拓地）。一般来说，不同的祖先之间并没有什么联系，因为年代问题。主要的故事说白了就是圣殿骑士团与刺客组织（阿萨辛教团）之间为了夺取金苹果（一种神器，可以控制人的心智）而爆发的战争。
都是用机器从一个现代人的DNA里读取的他的祖先们的记忆。用以揭露伊甸园碎片的秘密和圣殿骑士团的阴谋。
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