很简单。就看情节是否严重。
非法侵入他人住宅情节不严重的违法，适用治安管理处罚法第40条第3款之规定处罚。
非法侵入他人住宅情节严重的犯罪，适用刑法第245条第1款处罚。
何为严重
如：如未经主人许可破门撬窗而入、深夜持械闯入及其它闯入后严重妨碍他人居住安全与生活安宁的行为。
需要说明的是：
（1）如已合法进入他人住宅后，别人让你出去你不出去，也算是非法侵入他人住宅。
（2）如闯入他人住宅是为了进行盗窃、诈骗、抢劫、强奸、杀人等其他犯罪的，在这种情况下，按刑法吸收犯理论，后行为吸收前行为，不再定非法侵入住宅罪，也不再与非法侵入他人住宅罪并罚，只定盗窃、诈骗、抢劫、强奸、杀人等犯罪。
根本不同在于治安管理处罚法规定的非法侵入他人住宅行为不够刑事处罚或者说不构成犯罪。
主要应该是侵入的程度不同
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