一般纳税人收到增值税发票三个月没有确认，该怎么处理

《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）

一、增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。

二、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。

五、增值税一般纳税人违反本通知第一条、第二条和第四条规定抵扣进项税额的，税务机关按照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定予以处罚。

在修订后的《增值税专用发票使用规定》（国税发〔2006〕156号） 及《关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发[2007]18号）在相关的规定中也没有关于购货方取得的增值税专用发票超过90天未到税务机关进行认证或在认证的当月未抵扣的问题予以明确。即不能退回开具的企业，也不能由购买方填报《开具红字增值税专用发票申请单》。实际工作中这两种情况还是会不时出现，尤其是超过90天未认证的情况比较多，对于这一问题，相关法规中即无惩罚性的规定，也无超出认证期限该如何处理的规定，使对于这一问题的规定 处于一种真空的状态。以至出现这种问题时，税务机关不知该如何处理，纳税人更是不知如何是好。

多数的情况下，只能让纳税人不抵扣进项税额，而将已过认证期限或抵扣期限的发票所记载的进项税额转入相关的成本的方式进行帐务处理。但使这样作其实也没有文件明确的规定。而且这种情况在实际操作中也很容易产生问题。因为纳税人取得的这类发票，未经税务机关认证确认，不能确定发票的真伪。很容易产生虚开发票的问题。不能抵扣税额，但按上述的方法，却还要在所得税前扣除购进货物的成本。仍然存在很大的隐患。有可能造成所得税流失。

而且这一规定对于税务机关和纳税人也存在不很严密的地方。如果纳税人在超过90天的认证期限后到税务机关认证，金税工程系统以无法认证，但系统中并无相应的记载，如果税务机关的相关人员给这种发票加盖了无法认证的印章，在无法验证的情况下，纳税人仍可以以无法认证的理由到税务机关开具红字增值税专用发票进行处理。

现在总局正在准备修改发票管理办法，应该在新修订的发票管理办法中加以明确。有两种方法可供参考：如果金税工程系统中对于企业的报税信息的保存期限可以适当延长或本来删除期限就超过三个月的话，可以考虑对于认证期限给予一个过渡期，对于超过三个月未认证的增值税专用发票可以规定给予一定的处罚。然后可以在半年内给予认证，认证通过后。在相关的处罚执行后可准予抵扣。对于超过半年内仍未认证的的增值税专用发票明确作废，即不能抵扣进项税额，也不得作为费用入账。如果金税工程中存储的信息量过大，可以考虑对于已经比对通过的企业报税信息在3个月后删除。而对于没有认证信息，未进行比对的已开具的增值税专用发票信息保留至六个月。过六个月仍没有认证信息的则从系统中删除。如果上述方案无法实行，那就采用第二种方案，就是明确超过90未认证的发票一律作废。对于认证当月未抵扣的增值税专用发票也要作出明确的规定。让税务机关和纳税人都有章可寻。

虽然过了期，不能抵扣，但是还是要认证，导入认证结果之后选择不抵扣就行了。所有的增值税发票最好都认证，不管是否过期，否则到时双方税局的系统不能对碰到，就会被稽查。

增值税发票的认证期是开出发票之日起90内，超过90天后不能再进行认证，进项税额入成本。如果对方公司答应的话，让其重新开具。

超过90天后不能再进行认证，进项税额进入成本。

那不能抵扣了,只能入成本了