JS是前台脚本，C#是服务端语言，两者可以通过一定的桥接手段进行互通。
你给的信息不实很完善，希望可以有更详细的需求。针对目前提供的信息，我能给的建议如下：
利用HTML中的hidden来记录js的返回值，然后提交到后台由C#接受
利用query string
利用cookie
