用人单位的合同里多处和劳动合同法冲突，此合同是否有效

　　此合同属于部分条款无效合同，就你的问题谈点个人意见：
　　1、违约金，公司购买美国设备，即使美国公司有培训义务，并不影响公司劳动者违反服务期约定应当承担的违约金。很浅显的道理，设备的价格是包含培训义务的。
　　劳动者需要承担的违约金，为尚未履行时间用人单位有票证证明的因培训产生直接费用。
　　2、用人单位扣留毕业证违法，是由劳动行政部门责令退还和处罚，涉及你本人的只是退还。
　　3、竞业限制不得超过两年，并给予经济补偿。合同中限制期限五年不符合法律规定，应改为两年；没有约定经济补偿金，按照最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（四）》规定，竞业限制的经济补偿金应当按劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30%且不低于当地最低工资标准按月支付。
　　如果你支付了违约金后，公司要求进行竞业限制的，应当按照上述规定支付经济补偿金。
　　4、合同中违反法律强制性规定的部分无效，应当改按法律规定执行。
　　违约金你是应当按照实际支出承担的，毕业证必须退还的。

　　用人单位的合同里多处和劳动合同法冲突，此合同有与法律规定冲突的部分无效，其他部分有效。

　　《劳动合同法》第二十六条　下列劳动合同无效或者部分无效：
　　 （一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
　　 （二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
　　 （三）违反法律、行政法规强制性规定的。
　　 对劳动合同的无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民法院确认。
　　 第二十七条　劳动合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。

劳动合同部分条款即使与法律相违背，多数情况下也只是部分无效，你的情形属于条款部分无效。
关于违约金的问题，你的想法基本正确，培训必须是针对专项培训，通常理解为提升技能的培训，如果是为了满足上岗要求的培训不能视为专项培训，不能以服务期进行限制。
竞业限制首先期限必须符合法律规定，而且竞业限制是要支付补偿费用的，如果不支付补偿费用可以不受竞业限制条款的约束。

此合同有效。你说的条款不符合法律规定，单位有责任，但不影响合同的效力。关于赔偿问题，数额不是口头说了算，要有证据支持。