房地产企业普遍面临的税务管理难点表现在哪些方面？

你的四个问题可以归结为一个：就是税负控制问题。
一是土地增值税的增值率难以保证在30%以内，按照土地增值税的计算方法，它有4档税率，最高一档为60%，挺吓人的，该增值率控制不好，企业就会吃亏。而要控制好此增值率，需要对建筑成本进行全面的预算管理。关键是做账的人要非常熟悉土地增值税的计算方法，否则，就无法对增值率进行有计划的控制。持有注册税务师或注册会计师证的人可以胜任此项工作。
一般的地方，土地增值税的预交征收率是3%（全国各地不一样，3%可以理解是国家的最低线税负），因此，增值率控制得好的企业，会保证有3%，但不会超过3%许多，否则企业又要多交上千万的土地增值税。（之所以要保证有3%，是因为，低于3%，税局是要查账的）
举个简单的例子，某房地产开发企业，有个项目收入预计6个亿，需要做多大的建筑成本，土地增值税的税负才不会超过3.5%（假定老板接受3.5%的税负）
设建筑成本为X，假定企业不存在有银行借款，当地开发费用扣除率为10%，则有：
[6-1.3X-6×5%（1+10%）]×30%=6×3.5%（6×3.5%为总共要交的土地增值税）
解得X=3.823亿元。这3.823亿元的建筑成本就是会计要控制的建筑成本。应交的土地增值税是0.21亿元。验算：0.21/6=3.5%
否则土地增值税清算的结果将大大超过0.21亿元。如，建筑成本没有控制好，只有3.5亿元。仅仅比计划数少0.323亿元，则应交的土地增值税是（6-3.5×1.3-.33）30%=0.534亿元。要多交0.324亿元。其差额是巨大的，简直是几何式的放大。这就是土地增值税最隐蔽的地方。
二是企业所得税的税负难以控制。国家的最低线税负是收入的2.5%，控制得不好，也会超过它很多。而且，它的扣除金额与土地增值税的扣除金额还不一样。更重要的是，它还受平均建筑成本的影响。如，一个企业的建筑成本是3000元/平米（假定），而当地的平均建筑成本是2600元/平米，超过平均水平，也是很麻烦的，税局也会要你写说明、解释之类的问题。
总之，这两大税是房地产企业面临的最大、最难控制的税种，它隐蔽性强，政策性强，计算复杂，要求会计人员不但要是会计专家，而且还要是税务专家，否则，这两个税是很难协调控制好的。老板花点钱请个持有注会或者注税证的人参谋，并付点咨询费是很值得的。