碎片整理后，因为要复制一些文件，会产生大量临时文件，你只要把这些临时文件删除就行了
可能是有些坏道，少了些很正常，不行么重新分区。可能会找出来，还有要不就格式化看下。
一般地，磁盘整理不会产生新数据，也就不会出现磁盘容量减少的情况。但整理到一半时强行中止，可能会有这种情况。而且，你没有说你用什么工具来整理，所以，没能给出更好的建议。
