首先问一下你具体用哪个函数设计的。我想你设计的不是严格意义上的低通原型滤波器。
如果你真是设计的所谓“低通原型滤波器”的话，那么我提出三点质疑：
matlab能处理的都是数字信号，你是怎么弄来模拟信号并使用模拟滤波器的？不采样是不可能的。
即便是模拟信号处理，原型低通滤波器严格说来其负载电阻和频率都是归一化的，必须要根据实际情形下的电阻和频率重新计算电容电感的值。
实际用的滤波器往往不是低通，还有高通、带通、带阻。必须要做参数变换。
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