合理不合理不好判。
一是你没有按规定时限办理税务登记证，之前的税务部门不知道你的经营情况，只能核定给你最低的应交税额20000*3%＝600元。
二是税务部门应该认真调查核实，不可以一刀切，如果营业额确定没有到达20000元的，可以不交税的。
另外，由于你超过时限，没有按期办税务登记，要受到罚款追究《税收征管法》规定的。
你办了营业执照就得办理税务登记证的，让你补交600元。不多的。
要他们出文件和票单，没有文件的就是不合法的
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