在会计电算化系统中，初始化工作包括设置系统参数、设置科目、建立各种账簿文件、定义各种辅助核算、定义报表以及录入各种余额数据或者是发生额数据等。初始化工作只能进行一次，并将在很大程度上影响其后的核算工作。不论是从手工核算过渡到电算化处理还是更换会计电算化软件，都需要做初始化的工作。在初始化的工作中，将本单位要 采用的核算程序、方法、规则、基础数据录入电脑，使会计软件能适应本单位的核算、管理需要。本文就会计电算化的核算方法、规则的选用、科目的设置、报表定义等方面需要注意的问题进行讨论。
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