一、清朝内阁与军机处的设立
1.议政王大臣会议的废除
清统治者入关前，曾有“议政王大臣会议”，由八旗的诸王和总理旗务大臣组成，凡朝廷的军国大政，都要由它讨论和决策。这说明，议政王大臣会议是满洲贵族控制朝政、维护自己利益的特权机构，这必然同封建的中央集权和君主专制发生矛盾和冲突。所以清王朝统一中国后，封建皇帝便通过允许蒙、汉大臣参加议政和设立内阁等办法，逐步削弱议政王大臣会议的权力，并最终于乾隆五十七年（1792年）明令正式予以裁撤。
2.清内阁的设立
清朝入关前，朝廷设有内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院，分掌记注皇帝起居、编立史册、撰写实录、草拟国书制敕及为皇帝进讲等。内三院设大学士、学士等，可参预国家机要。顺治十五年（1658年），清朝改内三院为内阁，设大学士，加殿阁头衔，满汉各半。并且仿照明朝制度，规定凡各处官员上呈的奏章，先由内阁代拟批旨（替皇帝拟出几种处理意见），再进呈皇帝；对于皇帝的诏令，也由内阁下达六部等衙门执行。开始时，由于规定大学士仅为五品官，至使内阁的权势反而低于原内三院。但是由于清朝皇帝利用内阁抑制议政王大臣会议的权势，使内阁的地位不断得到提高。雍正时，内阁大学士的官位品级升为正一品，成为朝廷的最高级官员了。不过，自军机处成立后，取代了内阁的许多职权，内阁官员也只是处理一些例行公事了，这时的“大学士”也成了文臣的一种荣称。
3.关于南书房
南书房在乾清宫的南庑，原是康熙皇帝读书之处，后来又选召翰林等官入内当值，称为“南书房行走”。康熙皇帝在闲暇时，便由他们陪侍赋诗作画等，进而参预机务，秉承皇帝旨意，起草诏令，一度成为发布政令之所在。不过，南书房只在康熙帝时才具有这种特殊地位。
4.军机处的设立
雍正七年（1729年），正值清军在西北与准噶尔部作战，为了能及时处置军情，遂在内廷设军需房，直接转达前线军情及皇帝旨意，这样既可省去内阁的复杂手续，而且不易泄密。后又称军机房，雍正十年（1732年）正式改称“办理军机处”，简称军机处，其职权也扩大为参预全部军国大政。由于军机处转达皇帝旨意、处置政务效率高，使得皇权专制达到最高峰，所以尽管它不是正式官署，却一直保留下来，并在清朝历史中发挥了重要作用。
军机处设军机大臣，称为“军机处行走”、“军机大臣上行走”，无定员，多者六、七人，一般以特选的大学士、尚书、侍郎等官充任，清末也有亲王入选。领班的军机大臣叫作“首揆”。
军机大臣在军机处轮班值日，准备皇帝随时召见，商议军国大政。军机大臣也要根据皇帝意见拟定谕旨，发布到有关部门，叫作廷寄。当时，内阁发出的各种文件叫“明发”，相比之下，军机处的廷寄较明发具有勤、速、密的突出特点。
对于资历浅的军机大臣，授予“军机大臣上学习行走”，其地位稍低，班次在后。军机大臣的僚属称为军机章京，俗称小军机，主管军机处的日常文书工作、撰拟谕旨、文稿等。
二、其它中央行政机构
清朝中央行政机构的设置和职掌，如六部、九卿、五寺、二监等，都和明朝一样，只是理藩院为清朝所特设。
理藩院，设尚书、侍郎为正副长官，专门掌管蒙古、西藏及新疆各地少数民族事务。此外，理藩院也分管部分外交、通商事务，如设俄罗斯馆等，直至咸丰时才把外交、通商等职掌划归总理各国事务衙门。
户部 ：主管户口、赋税、薪饷、铸币。其编制为尚书二，侍郎二，下设十四清史司。属于户部的有下列二机构：户部三库（银库、段匹库、颜料库）、户部仓场衙门。
刑部 ：主管国家的法律刑罚。编制：尚书、侍郎，下设十八司（按省分）和赃罚库司库（收赃银送户部）、律例馆（修法令条文）。
吏部：主管文官的登记，资格的审查，成绩的考核及任免、升降、转调、俸给、奖恤等事的审查。人员编制：尚书二人，左右侍郎二人，下设文选司，管理文员的选用；考功司，考功过；稽勋司，掌更名改籍终养服制；验封司，掌封赠袭荫。各司有郎中、员外郎、主事（各部同）。
兵部 ：主管练兵、武器和武官一切政令。编制：尚书、侍郎，下设武选司、车驾司、职方司、武库司。
礼部 ：主管国家典礼和教育、贡举。编制：尚书、侍郎，下设仪制司、祠祭司、精膳司、铸印局。
工部：主管土木兴建和水利等。编制：尚书、侍郎，下设营缮司、虞衡司、都水司、屯田司、节慎库、制造库、料作所、琉璃窖监督、皇木厂监督、管理街道厅。
清朝的中央行政机构归结为三院六部二衙门：具体请看下面的展开
三院：内秘书院， 内国史院， 内弘文院
二衙门：
衙门名 官衔 职能
都察院 左都御史 负责汉族与满族事务
理藩院 大理寺卿 负责外族如蒙古族事务
六部：
部名 现在官衔 职能
吏部 人事部 主要负责管理干部
户部 财政部 主要负责管理财政
礼部 教育部 主要负责典礼和教育
兵部 军队 主要负责管理军事
刑部 公检法 主要负责司法事宜
工部 建设部 主要负责工程建设
注解：六部当时的正副部长叫做尚书和侍郎
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