刑法第二十五条和公安机关办理刑事案件程序规定第三条,两者没有冲突都应该采用;
《刑法》第二十五条 共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。
二人以上共同过失犯罪,不以共同犯罪论处;应当负刑事责任的,按照他们所犯的罪分别处罚。
《公安机关办理刑事案件程序规定》第三条 , 公安机关在刑事诉讼中的基本职权,是依照法律对刑事案件立案、侦查、预审;决定、执行强制措施;对依法不追究刑事责任的不予立案,已经追究的撤销案件;对侦查终结应当起诉的案件,移送人民检察院审查决定;对不够刑事处罚的犯罪嫌疑人需要行政处理的,依法予以处理或者移送有关部门;对被判处有期徒刑的罪犯,在被交付执行刑罚前,剩余刑期在三个月以下的,代为执行刑罚;执行拘役、剥夺政治权利、驱逐出境。
应当适用刑法,前者是法律,后者是部门规章,前者要比后者法律位阶高。望采纳。