MyEclipse配置好Tomcat后,每次重新启动MyEclipse都要在windows-Preferences-MyEclipse-Servers里重新配置

有可能是MyEclipse的tomcat的安装有问题，建议重新配置tomcat服务器。
MyEclipse及Eclipse中添加tomcat服务器的方式:
1、打开eclipse开发平台界面，找到头部的工具栏中的“window”

2、点击window中的Preferences选项,在打开的preferences面板中找到Server，点击Runtime Environments，再点击右边的“Add”按钮。

3、在打开的添加服务器界面，选择本次要添加的tomcat服务器版本“Apache Tomcat v7.0”再点击“Next” 按钮

4、在打开的tomcat Server界面选择好tomcat安装路径，jre就可以之间点击“Finish”按钮了。

5、在上步的界面上点击了完成按钮，在回到的界面中再次点击Ok按钮，这样就完成了eclipse中对添加tomcat服务器的配置。

6、当完成了添加tomcat的配置之后，在eclipse中找到File-->new-->Dynamic web project界面中就会出现tomcat服务器的下拉选择。

7、到这里就表示eclipse中添加tomcat服务器已经成功了。

想了一下 没碰到过这个问题 貌似你优化过你的MyEclipse？

吧默认的东西改掉了 比如 加载服务器这快
window->perferences->general->startup and shutdown 里面你是不是没有勾选tomcat.

还有就是默认的加载一些常用让你取消掉了 里面就包括tomcat Jboss啊 等等