我念佛时总有一些不好的念头 我怕这是不敬 也影响修行清净心 但都不是有意的 请问有什么方法可以对治

忏悔，有对佛不敬的念头，是众生给你打的念头，可能是你过去生障碍过这位众生修行，
所以今生他来障碍你，让你念佛不得清净，让你妄想不断。
你可以在佛前，向给你打念头的众生至诚忏悔，忏悔无始劫至今生，障碍过他修行，
断了他的慧命，甚至杀害过他，配合诵金刚经给他，让他明理，诵地藏经给他，消减他的怨气、嗔恨，慢慢的你就会得清净心。
愿你早日宿业消除、身心清净，早日明心见性、普度众生。
南无阿弥陀佛
上座部（小乘）要求做到的，大乘佛教都做到了，并且还要修习六度、四摄法， http://zhidao.baidu.com/question/17664599.html

<转载> 念佛时生起恶念
大安法师：首先，念佛的时候会有一些妄想杂念，这些妄想杂念很多是不善的念头，贪、瞋、痴、慢、疑嘛！人我是非嘛！凡夫的念头都是这些。为什么我们都要注定下三恶道呢？就是我们不善的念头注定了要接受那样的果报，那是法尔自然的。但是，虽然是不善的念头，你得要体认它虚妄性，它是假的，它是虚妄的，也是来无所来，去无所去的。现在我们念佛，念佛的时候，你全身心注意这个佛号，你不理睬它。慢慢地这些不善的念头就没有意思了，它就会离开。所以比喻这个佛号就像狮子出窟，百兽潜踪，这个狮子，雄狮一出来，这些妄念的这些走兽都赶紧跑了。杲日升空，千林失白，中午的太阳一起来树上的那个打的霜都会融化，变成青翠的一片。
所以念佛尤其是你注意佛号念清楚听清楚，妄想杂念你不要去管它。你管它那好办了，这个妄想杂念就更有力量，更给你折腾。为什么它有力量？是你加持的，你注意了它，它的力量大。你不注意它，它就没有力量，所以要注意这一点。所以你不要去对待，形成一个对待，你不理睬它，你就是专门念你的佛号。所以妄念是病，念佛是药，注意这个药，病就会自然痊愈。但是由于我们多生多劫的妄念，它来得太有习惯势力了，所以要有长时间的念佛，药量要下得大。所以为什么我们要求每天一万到三万佛号，这个就是我们用这个药剂量大一点，我们内心就越来越空灵了，越来越自在了，妄念少，我们的智慧才能开发，我们的身体才能健康，我们跟阿弥陀佛的这种互动就更亲切。

下面让我们客观地分析一下,“大乘佛法”修练者能不能随心所欲地控制自己的大脑不再产生各种念头？

从生理角度看，人类是有理性的生命,分别心和七情六欲是人类先天就有的本能。人的意念是由外界的各种条件反射到大脑所产生的客观反应,凡是有理性的人都有能力约束自己的言行, 但是,没有能力约束自己大脑中闪现的某些小念头。 比如: 当你看到红色的东西, 你的大脑就会不由自主地闪现红色的意念；如果你饿了三天没吃饭,看到热气腾腾的米饭时, 你的大脑就会不由自主地闪现出吃的念头,甚至流口水；当你的手碰到滚烫的开水时,你的大脑就会不由自主地闪现出赶快把手缩回来的念头；当一只小飞虫飞进你眼里的时候,你的大脑就会不由自主地闪现出赶快整死它的念头；当你看到刺眼的太阳,你的大脑就会不由自主地闪现出赶快闭眼的念头；当你作为寺院的主持, 发现金钱供养要比食品供养更好的时候,你的大脑就会不由自主地闪现出敛财、洗黑钱、享受生活等坏念头； 当你发布一则放生的集资广告宣传, 一天就能收到从全国各地汇来的成千上万元的汇款时,你的大脑就会不由自主地闪现出记假帐、私吞公款、移做它用等坏念头。

综上分析,外界的条件直接影响到内心的意念。大乘佛法所谓的“通过修练就能使人的大脑不再产生恶念”的理论实属纸上谈兵,自欺欺人。一个大脑发育正常，生活在大千世界的人绝对不可能修练出“只存善念,而无恶念”的旷世神功。

我认为, 要想彻底地根除大脑中的恶念, 只有以下两个办法最有效果:第一个办法就是与外面的大千世界彻底隔绝, 把自己囚禁在一个不见天日,非常阴暗的地下室里苦修, 夜以继日地, 不停地默念“阿弥陀佛”,直到往生；另一种办法就是吃一种能够摧毁大恼逻辑思维的化学药物,把自己摧残成没有分别心的脑痴呆或植物人。除了这两种极端的办法,其它任何办法对“大乘佛法”的修练都是异想天开地自欺欺人。

原始佛教小乘佛法以言行定罪的理论才是佛祖倡导的 行之有效的真实佛法, 虽然人在某些条件的诱导下,能够不由自主地闪现出各种恶念, 只要你不放纵那些不好的念头,不以言语或行为去执行就不属于犯罪。

佛祖倡导的原始佛教小乘佛法能使人越修越圆满,越修越欢喜。异想天开的“大乘佛法”只能让人越修越痛苦,越修越烦脑（让一个人去做他做不到的事,那才是真正的痛苦和烦脑）。

佛祖说的好“大疑大悟, 小疑小悟,不疑不悟”。德国的哲学家阿伯拉尔说: “ 怀疑把我们引向研究, 怀疑使我们认识了真理”。大文豪莎士比亚说:“怀疑是大家必须通过的大门口，只有通过这个大门口，才能进入真理的殿堂”。我认为: “怀疑是检验真理的第一标准，凡事都要怀疑,不怀疑就不能见真理”。

念佛有妄念是很正常的现象，毕竟我们是六道凡夫，受持念佛法门就是为了用佛号来逐渐驱逐这些妄想，伏住这些妄想，蒙佛力接引，求生极乐。

做个比喻，念佛是烛火，妄念是黑烟，烛火越亮，黑烟越多，但黑烟永远遮盖不住烛火的光明。

不必过于纠结，出现妄念就尽量把注意力拉到佛号上来，用正确受用的方法多念佛，多回向，多行善布施，求佛加持，久而久之，妄念自熄！

念头不用管它，来就来去就去，别去想它，人不可能没有妄念的，很正常，别在意，你越在意就会越多。你只要一心念佛，把心放在念佛上，念头来了还是念佛，慢慢就没有了。