二者用法不同.
what should I do?是一个独立的特殊疑问句,用于询问.
what I should do不能独立作为一个句式,主要用于句子中的动词后面组成宾语从句.比如,I want to know what I should do next（我想知道接下来该做什么）.并且在类似宾语从句中,从句的语序不能变为疑问句的语序,只能按照正常陈述句的主谓语序.
前面的是委婉的提问，后面的是表示强调语气
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前者是一般疑问句，意思是：我该干什么？ 后者是定语从句（只是句子的一个部分），what为先行词，而不是疑问词，可以说what i should do is to study。意思是我能做的只有学习了 这样解释你懂么？不懂可以问我哦、、、
前者疑问句， 后者是从句
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