士官长、约翰逊、神风烈士全部都回到了地球。为了阻止先知启动光环,他们一行人成功的和米连达回合,并杀出重围,沿着公路来到了星盟军队刚刚在地球上建立的基地上。当他们赶到基地时,星盟已经完成了挖掘工作,并成功的开启了空间隧道。真相先知和信徒们驾驶着舰队飞向空间隧道。
那个黑洞模样的隧道是新行者们在地球上设置的一道门。只有通过这个空间隧道才可以到达方舟。很明显先知打算前往方舟开启剩余的光环。 士官长携众人追击,这时候人类和星盟精英族已经达成了共识:阻止先知开启光环。(爆笑剧情之一:精英战士和人类士兵交换武器,那一幕镜头酷代。)(爆笑剧情之二:神风战士告诉精英首领:鬼面兽的舰队数量是我们三倍。首领偌无其事地说道:很好,刚好势均力敌。)
进入空间隧道后,士官长来到了一个新的空间。这个空间有一个很奇怪的光环。它事实上并非环状,而是个六角型的“花瓣”,每一朵“花瓣”都是半截光环。这里正是方舟,是7个光环的最终控制基地。 此刻,博爱之城坠落在方舟上。这样,先知、人类、虫族,各自怀着不同的目的,在这片神秘的土地上展开了最后一战。
在博爱之城的残骸中,士官长找到了受损严重的科塔娜,完成了他对她的承诺。接着依靠科塔娜保留着的索引器,(2代中争夺的信物)士官长关闭了方舟上的三个能源塔,这时候一个崭新的光环从方舟的中央缓缓飞起,那是方舟的子光环,那里将决定着所有光环的命运。 先知俘虏了约翰逊,逼迫他开启最终光环,(似乎先行者是人类的远古祖先,因此只有人类的掌纹才可以开启光环。)情急当中米连达驾驶着一架运兵舰冲入现场,约翰逊请求米连达杀死两人以阻止光环的启动。米连达疑迟了一下,但却被先知开枪杀死。
虫族临时决定帮助士官长和神风烈士,目的是为了阻止先知。及时赶到后神风烈士杀死了先知。由于先知已死,虫族无所顾及,因此短暂的联盟关系破裂。随即虫族追杀士官长他们。约翰逊驾驶运兵舰离开了,而士官长和神风烈士则通过别的途径逃离了虫族追杀。 343罪恶火花引导士官长和神风烈士前往方舟的子光环控制室内,在控制室外约翰逊及时赶到。当士官长想毁灭光环时,343罪恶火花露出了狰狞的面孔。343罪恶火花宣称自己是光环的主人,不允许任何人对光环做出破坏的行为。
士官长、神风烈士及约翰逊均被343罪恶火花射出的激光击中,最后士官长忍着重伤消灭了343罪恶火花。并开启了光环自毁程序。约翰逊由于受伤严重,最终在士官长的怀中英勇死去。 光环自毁程序已经开启。受伤的士官长和神风烈士逃离了子光环,并成功驾驶着飞舰离开方舟。在起飞的过程中士官长差点被甩出机舱外,或许是伤太重了。最后在科塔娜的注目下,士官长艰难地爬回了控制台。一片光芒中,方舟化为了碎片。很明显,当方舟被摧毁了之后,其他光环将失去作用。世界上再也没有其他光环可以威胁到宇宙万物的生存了。
虫族也在那场爆炸出全部灭亡。由于虫族特殊的生理结构导致它们失去首脑无法生存,因此地球上剩余的一些虫族小兵将活不长久。虫族在这场战争中全体被灭。 当地球上的战士们满怀希望的迎接士官长的归3来时,却发现只有神风烈士走出了仓门…… 胡德统帅向神风烈士表达了敬意,并宣布将会在修建纪念碑。“我仍旧无法原谅你们的过错,不要忘记这场战争是你们挑起的。不过……”胡德统帅对着神风烈士说道,“我很感谢你陪伴他战斗到最后一刻。”
在胡德统帅身旁的阵亡告示牌上,上面有约翰逊、有米连达、还有一些无名勇士的照片。镜头最终缓缓的落在了一处位置,上面写着“斯巴达117”。这位人类最英勇的战士为了自己的信念,为了世界的和平献出了自己宝贵的生命。最终神风烈士和精英们离开地球,回到自己的故乡。人类和星盟迎来了和平。
补充楼上的:光环1:讲的是士官长和秋风之墩号无意发现的光环,在星盟追击下迫降到了光环上,在光环上人类首次发现洪魔,最后再牺牲了绝大多数人类后,士官长炸毁了光环,消灭了洪魔